Место действия - Токио 3, 2015 год. Прошло более  десяти лет после того, как половина населения планеты погибла в необъяснимой катастрофе. Человечество продолжает бороться за жизнь и готовится к следующему возможному нападению - предсказанной волне разрушения, которое приведет к гибели человечества - Третий Удар. Проводники этого пророчества - таинственные существа известные как "Ангелы", существа, которые появляются из космоса и оставляют после себя хаос и разрушение. Чтобы противостоять постоянной угрозе их нападения, таинственное агентство "NERV" проводит исследования и развертывает защитную систему, представленную ужасающими существами - "Евангелионами". Гуманоиды внешне, Евы – последняя надежда человечества в борьбе против Ангелов. Эти мощные машины могут  управляться только детьми, рожденными через 9 месяцев после Второго Удара - катастрофы, разрушившей половину Земли. Человечество вынуждено доверить свою судьбу этим хрупким подросткам, которые сами по себе - невольные заложники скрытой службы в "NERV".

Дети, противостоящие Ангелам, постоянно сталкиваются со своими внутренними страхами, шокирующие подробности происхождения Ев медленно всплывает наружу. Слои лжи сняты, открывая связь между Ангелами и секретными планами "NERV" - страшным проектом, который, в конечном счете, решит судьбу  человечества.

Руководимый Хидеки Анно, этот неоднозначный Аниме сериал приводит в восторг и пугает зрителей поворотами своего невероятного сюжета, сложными характерами и мультипликацией. Евангелион Нового Поколения рассматривает вечные вопросы и ответы на них с глубоко философской точки зрения и ужасно трагичными выводами.